Một tương lai nơi một nguồn năng lượng Manifestor thay đổi cuộc sống con người, bỗng không lâu sau một loài kỳ lạ tên "Alone" xuất hiện. Hãy cùng theo chân Akane để tiếp tục theo dõi câu chuyện
Phi hành gia đầu tiên trong lịch sử loài người là một cô gái ma cà rồng. Sau khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, các siêu cường phân chia thế giới, Cộng hòa Liên bang Zirnitra ở phía Đông và Vương quốc Anh Arnack ở phía Tây, đã chuyển tham vọng lãnh thổ sang không gian. Cả hai quốc gia đã và đang cạnh tranh gay gắt để phát triển.
Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Trong tương lai xa, loài người bị đẩy vào thế giới sâu thẳm dưới lòng đất gọi là Labyrinth và họ đang sống kề vai nhau. Mê cung có một số thuộc địa với môi trường khắc nghiệt chẳng hạn như một thuộc địa có nhiệt độ cực cao, trong khi một thuộc địa khác chứa đầy vàng và bạc.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".