Dựa theo tựa game cùng tên. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2115 khi mà Nhật Bản bị chia cắt thành 2 thế giới song song với nhau. “Ranh giới vô pháp S” và “Khu hành chính Tây phương số 17″. Cả 2 phe đấu tranh cả ngày lẫn đêm để giành được vị trí “Duy nhất” trong tương lai và cho chính sự tồn tại của họ.
Bối cảnh của câu chuyện không phải là chiến tranh thế giới thứ 3 hay là ngày Nhật Bản tuyển bố lệnh cấm anime và manga sắp tới đây, mà về một tương lai tương đối gần, khi mà các robot bắt đầu lộng hành phỏ biến như các navi và virus trong megaman battle network.
Ngay khi hành tinh này tiến gần đến Thế chiến thứ ba, những cá nhân có siêu năng lực đã xuất hiện từ khắp nơi trên thế giới để duy trì hòa bình. Họ trở thành biểu tượng của quốc gia mình, nỗ lực hạn chế tội phạm và đưa những kẻ ác ra trước công lý.
Mở đầu với cơn ác mộng và sự cắn dứt của Shinku về những gì xảy ra trong trận đấu với Suigintou ở session 01. Tiếp đến là sự xuất hiện của những búp bê còn vắng mặt ở session trước khiến nhiều người phải ra đi và Alice Game giờ mới thực sự bắt đầu.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!