Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài.
Dựa theo tựa game cùng tên. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2115 khi mà Nhật Bản bị chia cắt thành 2 thế giới song song với nhau. “Ranh giới vô pháp S” và “Khu hành chính Tây phương số 17″. Cả 2 phe đấu tranh cả ngày lẫn đêm để giành được vị trí “Duy nhất” trong tương lai và cho chính sự tồn tại của họ.
Emma cùng các bạn của mình đang tận hưởng những ngày tháng hạnh phúc ở trại trẻ mồ côi với chỗ ở ấm cúng, thức ăn ngon, những khoảnh khắc cùng nhau vui đùa, những bài kiểm tra khó nhằn và người mẹ (bảo mẫu) dịu dàng. Tuy nhiên, vào 1 đêm nọ, bí mật kinh hoàng đằng sau cuộc sống màu hồng ấy được Emma khám phá ra
Vào năm 2199, trái đất bị kiềm hãm dưới vòng vây ảnh hưởng của phóng xạ bởi đế chế Gamilas trong 5 năm liền. Cư dân địa cầu phải sống dưới lòng đất để thoát khỏi những trận oanh tạc, nhưng dần dần sự nhiễm xạ xuyên qua mặt đất xâm nhập vào cơ thể người.Phi hành đoàn của Chiến hạm không gian Yamato được lập ra nhằm thực hiện cuộc hành trình tới hành tinh Iscandar để tìm kiếm một vật có thể giúp phục hồi trái đất đang bị tàn phá trước khi quá muộn...Các nhân vật chính trong bản chuyển thể có
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!