Bất chấp lời cảnh bảo của các nhà khoa học về khả năng hai cực của Trái Đất sẽ bị xoắn lại, hai cường quốc lớn vẫn lao vào cuộc chiến tranh sử dụng lực từ. Động đất và sóng thần xảy ra, phá hủy phần lớn nền văn minh nhân loại.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới nơi đất liền đang bị nuốt chửng bởi Biển Tuyết Vĩ Đại. Nhân loại đang trải qua một cuộc sống khắc nghiệt bên trên Tenmaku (một cách chơi chữ trong từ tiếng Nhật có nghĩa là lều), trải dài từ gốc đến ngọn của những Cây Quỹ Đạo khổng Lồ.
Phim chỉ dành cho đối tượng trên 16 tuổi. Izumi Shinichi là một thiếu niên 17 tuổi, sống cùng bố mẹ tại một khu phố yên tĩnh ở Tokyo. Một đêm nọ, những sinh vật ngoài hành tinh, có hình thù giống loài sâu, với tên gọi Kiseijū ("Ký sinh vật") đổ bộ lên Trái Đất, chiếm lấy não và điều khiển chủ thể là con người bằng cách xâm nhập qua tai hoặc mũi. Một "Ký sinh vật" có ý định bò vào tai của Shinichi khi cậu ngủ nhưng thất bại vì cậu đang đeo tai nghe, vậy nên đã xâm nhập cơ thể cậu bằng cách chui
Vào giữa thế kỉ 21, động đất và ảnh hưởng của sự nóng lên toàn cầu đã phá hủy Nhật Bản. Đất nước này đã trở thành một khu rừng lớn nhất thế giới để hấp thụ CO2 do thứ thuế carbon cản trở sự phục hồi của nó. Một số người sống cuộc sống sung túc trong dự án thành phố Atlas, trong khi số còn lại ở bên ngoài với nền kinh tế lạc hậu. Trước sự bất công xã hội càng lúc gay gắt, Kuniko phải dẫn dắt người dân của cô ấy đến Atlas. Thế nhưng ẩn bên trong miền đất hứa Atlas này là gì.
Năm mươi năm đã trôi qua kể từ khi loài người bắt đầu di cư đến biên giới mới: Sao Hỏa. Đó là thời đại mà hầu hết văn hóa được sản xuất bởi AI và mọi người hài lòng với tư cách là người tiêu dùng thụ động