Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Nhân vật chính của truyện, và lần đầu tiên trong sáu trình điều khiển chọn lựa chọn bởi Arcadia. Một cậu bé vô tư trẻ, những người đã rất lịch sự, và không bao giờ quên mỉm cười và cúi đầu ở bất cứ ai ông đã gặp, mặc dù ông thường xuyên hiển thị liều lĩnh mà gần như có được nó vào rắc rối.
Câu chuyện tập trung vào học sinh cao trung năm nhất Tatsuya Yoigoshi, cựu cầu thủ bóng đá nhưng lại không thích thể thao. Chuyện gì mà ngộ nghĩnh vậy? Cậu ta được mời tham gia một đội tuyển cho môn thể thao có tên Kabaddi. Ban đầu cậu chế giễu ý tưởng này nhưng sau khi xem xong một trận đấu, cậu bắt đầu hứng thú với nó.
Một đêm nọ, một cậu thanh niên tên Tsunashi Takuto, bơi từ đất liền ra hòn đảo Minamijuuji xanh tươi phía Nam Nhật bản. Cậu đến để gia nhập vào bậc cao trung của học viện Minamijuuji. Với thái độ tích cực và năng nổ, cậu ấy dễ dàng phát triển mối quan hệ với mọi người, đặc biệt là Agemaki Wako và Shindou Sugata.Tuy nhiên, bên dưới học viện lại ẩn chứa một bí ẩn lớn. Ở dưới có 20 robo hình người bất động.Trên một hòn đảo nằm dưới bầu trời xanh, chung quanh có biển xanh bao phủ, một câu chuyện về
Akira Nikaido - Một học sinh hư hỏng, hay lêu lổng, trốn tiết luôn nghĩ rằng cuộc sống này thật quá đỗi bình thường và nhàm chán cho đến khi cậu gặp Shirogane - Người đàn ông bí ẩn với mái tóc dài màu bạch kim thướt tha, nói rằng số phận của cả 2 là gắn liền với nhau.