300 năm sau khi kết thúc chiến tranh ở Calamity.Những quyền năng cai trị Sphere Trái đất đã bị lật đổ, nhường chỗ cho những người cai trị mới của một thế giới mới sau trận chiến.
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Nằm phía bên dưới thủ đô Toyko, có tồn tại một thế giới vô cùng rộng lớn và chưa ai từng biết, được gọi là Thế Giới Ngầm. Ở đó mọi người đều sở hữu một sức mạnh điều khiển nguyên tố, là những người có khả năng kiểm soát được các nguyên tố : Lửa, nước, sét, từ tính, băng v.v.
English: Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG. Synonyms: Koukaku Kidoutai S.A.C. 2nd GIG, Ghost In The Shell S.A.C. 2nd GIG. Japanese: 攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG
Ba năm trước đây, một cửa ngõ giữa Trái Đất và Beyond mở hơn thành phố New York. Trong một đêm khủng khiếp, New York đã bị phá hủy và xây dựng lại, bẫy New York và các sinh vật extradimentional như nhau trong một bong bóng bất khả xâm phạm.