Ngày xửa ngày xưa, một kẻ thù không xác định, Unknown, bất ngờ xuất hiện. “Cơ quan phát triển đường sắt siêu tiến hóa” đã phát triển “Shinkalion”, một robot biến hình thành tàu cao tốc, như một biện pháp đối phó với mối đe dọa này.
Năm 2040, tình trạng ô nhiễm liên tục và hàng loạt trận động đất bí ẩn đã khiến thành phố Tokyo bị hủy hoại. Một thanh niên tên Ken Ando đang được đào tạo để trở thành thành viên của DC, một tổ chức bán quân sự được thiết kế để điều tra và bảo vệ môi trường sụp đổ.
Urashima, một hòn đảo cách xa đất liền. Những con người trên đảo có một cuộc sống rất vô tư. Nhưng năm năm trước, ba đại gia đình trên đảo đã phải chịu một loạt những bất hạnh ập đến. Người dân trên đảo cắt đứt liên lạc với đất liền và dân số dần suy giảm. Chìa khóa để cứu hòn đảo nằm trong ba cô gái thuộc về ba gia đình.
Khi Azuma Ikki trở về Nhật Bản sau 10 năm, Anh bị tấn công bởi một nhóm người có vũ trang và trở thành tù nhân của họ. Kogane Asabuki, một người bạn thời thơ ấu, cứu anh với một vũ khí trên tay phải của cô được biết đến như Bubuki; một vũ khí với suy nghĩ riêng. Azuma Ikki, một người sử dụng Bubuki, biết về sự tồn tại của Bubuki và đi trên một cuộc hành trình cùng với các bạn đồng hành
Paradigm City, một thành phố của sự mất trí nhớ và một nơi thuộc về. Nó vẫn còn lưu hành bởi quá khứ lãng quên và tàn tích của người lao động của họ do thiên tai 40 năm trước đây. Bị che đậy trong một bí ẩn giống như sương mù, nó giống với những người như Roger Smith chiếu sáng qua sương mù.