Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Sau khi lấy được 7 viên đá truyền thuyết, Chaos Emerald , Sonic và bạn bè mình tiếp tục chiến đấu chống lại tiến sỉ xấu xa Eggman. Khoảng khắc Sonic đột nhập vào sào huyệt của Eggman, thì 7 viên đá truyền thuyết đã được thu thập và tạo ra sức mạnh tống Sonic và những người khắc vượt thời gian đến thế giới loài người.
có nhân vật chính mới là Light Tenryu và câu chuyện của nó lấy bối cảnh tại trường Cao đẳng Shadovar, một cơ sở đào tạo những người chơi chuyên nghiệp của trò chơi Shadowverse. Tenryu Light, một học sinh chuyển trường, quyết định tham gia "Seventh Flame", một trong bảy câu lạc bộ Shadovar.
câu lạc bộ lặn Mizuki (MDC) đang sắp sửa đóng cửa sau khi gặp rắc rối về tài chính. Huấn luyện viên mới của câu lạc bộ thuyết phục công ty mẹ của câu lạc bộ vẫn duy trì điều kiện: câu lạc bộ gửi một trong số các thành viên của mình tới các môn thể thao Olympic vào năm tới như một phần của đội Olympic.
trong một thế giới tồn tại một nhóm siêu nhân được gọi là Chiến Đội Thánh Long. Họ có nhiệm vụ chiến đấu với đội quân ác nhân mong muốn xâm chiếm thế giới.