Câu chuyện xảy ra tại tương lai nơi đế chết Garrufa đang cố gắng xâm chiếm trái đất. Và người trái đất đã thiết lập nên 1 tổ chức mang tên GEAR cùng với sức mạnh của siêu vũ khí Dendoh nhằm bảo vệ trái đấu.
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Thế giới được chia thành hai phe: con người và quái vật gọi là katawara. Mặc dù là một katawara, Tama yêu thương con người và tuyên thệ bảo vệ họ khỏi ác, ngay cả khi đó có nghĩa là phải chiến đấu với loài của mình.
Đầu tiên, một con tàu ngoài hành tinh kỳ lạ xuất hiện ở Tokyo, và sau đó một học sinh mới chuyển đến trường bí ẩn với một bộ đồng phục cổ điển. Tên của cậu là Muryou, và khi cậu ta đến, mọi thứ bắt đầu thay đổi.