Câu chuyện diễn ra với bối cảnh cận trung cổ, khi các phù thủy đều bị giáo hội săn lùng vào thiêu sống. Gái đẹp thiên tài ma nữ Zero cùng cùng chàng linh đánh thuê người thú hóa lên đường đi tìm lại quyển Book of Zero, vốn do gái đẹp Zero viết ra nhằm khiến thế giới tốt đẹp hơn nhưng lại bị sử dụng sai mục đích ban đầu
Cậu thiếu niên Tandoji Alma đang sống cuộc đời cô độc, bị bạn bè xa lánh ở một thành phố cảng thuộc vùng Kantou thì bỗng dưng Aiba Ruri - một cô gái lạ mặt đến xin nhờ cậy sức mạnh "Sacred Seven" mà cậu sở hữu. Tuy vây, Alma ngay lập tức từ chối, vì trong quá khứ sức mạnh này dã từng bị mất kiểm soát, khiến cậu đả thương rất nhiều người xung quanh.
Câu chuyện về ba lính cứu hỏa trẻ có sứ mệnh cứu Nhật Bản ngày càng phát triển về mặt tinh thần! Toake Daigo bùng cháy với tài năng vượt trội và lòng quyết tâm vô song. Onoda Shun cố gắng chống lại những bức tường chặn đường của chính mình.
Sau chiến tranh, những Extend tồn tại rất nhiều khắp đường phố, họ là những người đã bị biến đổi để trở thành một món vũ khí nguy hiểm. Inui Juuzou cũng là một Extend như thế. Anh không còn chút ký ức gì về cuộc sống trong quá khứ của mình, cũng không nhớ ai đã thay cái đầu của mình thành một khẩu súng khổng lồ.
Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí