Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Một đêm nọ, một cậu thanh niên tên Tsunashi Takuto, bơi từ đất liền ra hòn đảo Minamijuuji xanh tươi phía Nam Nhật bản. Cậu đến để gia nhập vào bậc cao trung của học viện Minamijuuji. Với thái độ tích cực và năng nổ, cậu ấy dễ dàng phát triển mối quan hệ với mọi người, đặc biệt là Agemaki Wako và Shindou Sugata.Tuy nhiên, bên dưới học viện lại ẩn chứa một bí ẩn lớn. Ở dưới có 20 robo hình người bất động.Trên một hòn đảo nằm dưới bầu trời xanh, chung quanh có biển xanh bao phủ, một câu chuyện về
Captain Tsubasa là một câu chuyện đầy nhiệt huyết về cậu bé tiểu học, người luôn có những ước mơ và suy nghĩ liên quan tới tình yêu bóng đá.
Một hôm Yachi Haruaki nhận được "quà" từ ba mình ở hải ngoại là 1 cái hộp bự tổ bố và rôì đêm đó, cậu đã phát hiện 1 cô gái "trần như nhộng" đang ăn vụng bánh gạo trong bếp nhà mình.
Trong thời đại mà Samurai thống trị Nhật Bản… Shinsengumi đã bị xóa sổ bởi một kẻ tấn công vô danh, chỉ duy nhất một người còn sống sót sau trận chiến. Để bảo vệ an ninh của Kyoto, một chiến dịch thay thế tuyệt mật được thực hiện.