Trong thời đại mà Samurai thống trị Nhật Bản… Shinsengumi đã bị xóa sổ bởi một kẻ tấn công vô danh, chỉ duy nhất một người còn sống sót sau trận chiến. Để bảo vệ an ninh của Kyoto, một chiến dịch thay thế tuyệt mật được thực hiện.
Okajima Rokuro - now known almost exclusively as Rock - was once a typical, put-upon Japanese businessman. Then, on a routine business trip, he was kidnapped and ransomed by the Lagoon Company: a band of mercenary pirates operating out of the crime-riddled city of Roanapur. Abandoned by his bosses, he joined the Lagoon Company. Now he must try and stay afloat amongst the ever-shifting politics of the criminal underworld, while simultaneously avoiding death at the hands of his quick-tempered, gun-toting co-worker, Two Hand Revy.
Đây là phần cuối cùng của Initial D First Stage giờ đây Takumi và Shinji của trận đấu như vậy, khai mạc vào ngay lập tức. Shinji được đưa ra dẫn trước. Bunta bước ra khỏi cửa hàng đậu phụ và phá vỡ keypouch của mình sau khi vô tình bị rơi xuống. Bunta đoán một sự kiện không may sẽ xảy ra.
Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Trên lục địa Cruzon, cuộc chiến giữa đế chế Krisna và quốc gia Athens đang gần kề. Người dân trên hòn đảo này có thể sử dụng quartz để thực hiện điều ước của mình. Nhưng một người không thể sử dụng quartz là Rygart Arrow. Cậu ta không phải là một phù thủy thực thụ nhưng vì thế mà cậu ta có thể điều khiển 1 golem cổ xưa, một golem bá đạo có thể chống lại cuộc xâm lăng của đội quân Athens.