Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Câu chuyện khởi đầu ở một tương lai xa, khi Trái Đất đã bị ô nhiễm đến không thể sinh sống, con người đã quyết định rời quê hương để di dân vào vũ trụ
Trong thế giới ma thuật, sức mạnh và tương lai của một pháp sư được xác định trước khi sinh ra thông qua cái gọi là "Dấu hiệu" —của bốn biểu tượng phân loại năng khiếu ma thuật của con người.
Diễn ra vài năm sau Getter Robo Go, Trái đất giờ đây là một thế giới hậu tận thế. Hayato, hiện là một nhà khoa học lão thành, đã hoàn thành kiệt tác của Giáo sư Saotome, Getter Robo Arc. Lái nó là Takuma, con trai của Ryoma, con người-khủng long Kamui, và em trai của Tayel, Baku.
Ngày xửa ngày xưa, một kẻ thù không xác định, Unknown, bất ngờ xuất hiện. “Cơ quan phát triển đường sắt siêu tiến hóa” đã phát triển “Shinkalion”, một robot biến hình thành tàu cao tốc, như một biện pháp đối phó với mối đe dọa này.