Vào năm 2010 A.D, nhiều siêu bão đồng thời xuất hiện trên toàn thế giới. Chúng gây ra những thiệt hại nghiêm trọng. 5 tỷ người mất, dân số giảm còn 3 tỷ. Nền kinh tế và quân sự đã bị suy sụp. Bắc Mỹ, Nga và Bắc Âu đã bị đóng băng, đồng bằng thì chìm dưới biển. Vị trí địa lý bị thay đổi đáng kể. Văn minh nhân loại bước vào thời kì khủng hoảng
A few months have passed since the VF Circuit, and Aichi is now in High School. However Aichi is in a different high school than most of his friends, a high school where the instructors focus on looking towards the future.
Shouko đi du học Mỹ về và vô tình gặp lại anh bạn trai cũ đã chia tay cô, lý do là vì đứa em gái anh ta. Trong khi đó cô em Karada đó luôn mặc cảm vì cơ thể nhỏ bé của mình dù đã vào cấp 2. Cả 2 đã gặp nhau và cùng ước ở hòn đá ước, và cơ thể họ đã bị thay đổi.
Tantei gakuen Q gồm có 5 nhân vật chính, là 5 học sinh của lớp đặc biệt học viện thám tử Q, ko chỉ là bạn học mà còn là đối thủ trên con đường giành quyền trở thành người kế thừa của thầy Dan - thám tử huyền thoại nổi tiếng và dồng thời cũng sáng lập ra học viện. Được nhận vào học viện là những tài năng với các năng lực đặc biệt: - Kyuu: Nhạy bén, có khả năng phán đoán và tố chất bẩm sinh làm một nhà thám tử. - Megu: cô gái có thể nhớ như in tất cả những gì mình đã nhìn thấy, dù chỉ là liếc sơ
Khi chiến thắng một giải đấu và được trao vương miện chiến binh mạnh nhất thế giới, Peter Grill đã phát hiện ra nhược điểm trong sự nổi tiếng của mình