Sau khi Wataru giải phóng toàn bộ 7 tầng núi thì cuộc sống đã trở lại yên bình. Nào ngờ thế lực hắc ám lại tiếp tục quay tay khiến cuộc sống bị đảo lộn. Một lần nữa, Wataru lại phải lên đường để chống lại thế lực hắc ám.
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Lu Shuiyin (Riku Suigin bằng tiếng Nhật) là một bậc thầy về chơi game, một kỹ năng chỉ được biết đến với bạn cùng lớp là Lu Lian (Riku Lin ở Nhật). Một hôm, Shuiyin nhận được một thiết bị từ Lu Lian cho một ngôi mộ phát hiện trò chơi trực tuyến.
Trong trận chiến cuối cùng giữa Thánh thạch( Rave) và Quỷ thạch( Darkbring), do quá tự tin vào sức mạnh đã làm Quỹ thạch cuối cùng chạy thoát và gây ra vụ nổ khiến 1/10 thế giới bị xóa sổ trong chớp mắt.
After Niche carries the wounded and stunned Lag back to the Bee Hive, the Letter Bee finally begins to piece the puzzle together. Now he knows whats happened to Gauche, why the Marauders are so focused on stealing mail and the actual intent of the group controlling both, Reverse. However, when hes forbidden to reveal the truth, Lag is soon forced out of the artificial sunlight and back into the world of perpetual night.