Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
Những cô gái sống tại một thành phố nhỏ đã thực hiện một nghi thức đặc biệt. Họ là những cô nàng đến từ câu lạc bộ Crystal Radio - một câu lạc bộ thú vị, nơi cô nàng Asuka Tsuchimiya dành những ngày tháng vui tươi bên bạn bè mình.
Tôi chỉ muốn một chút hạnh phúc. Miyo Saimori, một cô con gái sinh ra trong một gia đình giàu có nhưng cô thật chất bị đối sư rất tệ bạc. Cô được chị gái cùng cha khác mẹ đối xử như một người hầu.Một đứa con gái không được cha mẹ yêu thương và không cần đến ai.
Một tay otaku Nhật Bản, yêu thích máy móc đã qua đời trong một vụ tai nạn thương tâm. Linh hồn của anh đã đầu thai tại một thế giới khác, gọi là Ernesti Echevarria. Tuy đã có một cuộc sống mới nhưng Eru vẫn lưu giữ lại mọi kí ức, tính cách, sở thích của mình ở kiếp trước. Thế là anh chàng tận dụng mọi ưu thế của mình để thực hiện mục đích trở thành người điều khiển Silhouette Knight - Con robot khổng lồ tồn tại trong thế giới này.
Clasu Valca từ thế giới của Prester, nơi mà cậu và người bạn thân lâu năm Lavie Head sống và làm việc như phát thư viên trên bầu trời. Họ cùng nhau mơ về 1 ngày sẽ thực hiện 1 sứ mệnh mà cha của họ đã không thể hoàn thành được - đó là bay xuyên qua 1 nơi nguy hiểm trải dài nổi tiếng được biết đến với cái tên Grand Stream.