Ba mẹ cô ấy mất sớm, sau khi học hết chương trình giáo dục bắt buộc cô ấy đã bị họ hàng đuổi ra khỏi nhà và phải sống cảnh nay đây mai đó. Cô có vẻ ngoài khá ưa nhìn và đó là điều khiến cô luôn gặp rắc rối trong cuộc sống lẫn công việc.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Kazuya Kagami không bao giờ đi bất cứ nơi nào mà không có "Sakura Obi" quý giá mà mẹ anh đã tặng anh. Một ngày kia, một cô gái xinh xắn, trang trí kimono tên là Kiriha xuất hiện trước mặt anh. Kiriha tự nhiên bắt đầu sống với Kazuya trong phòng của mình
Vào thời chiến quốc Nhật Bản, đôi chị em Towa và Setsuna bị chia cắt bởi một cuộc cháy rừng. Trong lúc tìm em gái, Towa bị vô tình du hành tới thế giới hiện đại nơi cô được gia đình của Kagome nuôi dạy.
Sasha is partnered with Hana as his new Maria. They infiltrate an all-girls academy, forcing Sasha to crossdress, in search of a Qwaser-related artifact called the Magdalena of Thunder which has appeared in one of the students. However, they have some competition in their search of it.