Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Paradigm City, một thành phố của sự mất trí nhớ và một nơi thuộc về. Nó vẫn còn lưu hành bởi quá khứ lãng quên và tàn tích của người lao động của họ do thiên tai 40 năm trước đây. Bị che đậy trong một bí ẩn giống như sương mù, nó giống với những người như Roger Smith chiếu sáng qua sương mù.
Emma cùng các bạn của mình đang tận hưởng những ngày tháng hạnh phúc ở trại trẻ mồ côi với chỗ ở ấm cúng, thức ăn ngon, những khoảnh khắc cùng nhau vui đùa, những bài kiểm tra khó nhằn và người mẹ (bảo mẫu) dịu dàng. Tuy nhiên, vào 1 đêm nọ, bí mật kinh hoàng đằng sau cuộc sống màu hồng ấy được Emma khám phá ra
Giữa những bức tường bao quanh, các thanh niên sẽ được nuôi dưỡng bởi các robot. Mặc dù cuộc sống ở đó có thể khá đơn sơ, nhưng theo nhiều cách, nơi đây lại giống như một lát cắt của thiên đường. Ở thế giới bên ngoài thì không khác gì một địa ngục trần gian, nơi sinh sống của những sinh vật kỳ dị và tràn đầy sức mạnh
Một tương lai nơi một nguồn năng lượng Manifestor thay đổi cuộc sống con người, bỗng không lâu sau một loài kỳ lạ tên "Alone" xuất hiện. Hãy cùng theo chân Akane để tiếp tục theo dõi câu chuyện