Rean Schwarzer, một giáo sư tại Học viện quân sự Thors ở Đế chế Erebonian. Câu chuyện của anime sẽ tập trung vào phần phía tây của lục địa Zemurian có trong trò chơi
câu chuyện về Takt, một nhạc trưởng, đã hợp tác với một Musicart tên Unmei. Cậu mong muốn âm nhạc được quay trở lại thế giới, còn Unmei mong muốn phá hủy D2. Vì thế cả hai đã cùng đồng hành để có thể thực hiện mục tiêu của mỗi người.
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.
Trong hậu quả hậu khải huyền của một cuộc chiến tranh giữa các máy và người sáng tạo của họ, máy cai trị trong khi con người tồn tại trong tình trạng nô lệ. nhân vật danh nghia Karen dẫn Kháng Tổ 11, một nhóm chiết trung của con người người tự thấy mình chiến đấu cho cuộc sống của họ như họ đang bị săn đuổi bởi các robot trong mỗi tập phim. Đây có phải là kết thúc của nhân loại? Họ chiến đấu một trận chiến mất?
In the new series, Lupin III will travel to France — the home of his grandfather and namesake, Maurice Leblancs master thief character Arsène Lupin.