Trong hậu quả hậu khải huyền của một cuộc chiến tranh giữa các máy và người sáng tạo của họ, máy cai trị trong khi con người tồn tại trong tình trạng nô lệ. nhân vật danh nghia Karen dẫn Kháng Tổ 11, một nhóm chiết trung của con người người tự thấy mình chiến đấu cho cuộc sống của họ như họ đang bị săn đuổi bởi các robot trong mỗi tập phim. Đây có phải là kết thúc của nhân loại? Họ chiến đấu một trận chiến mất?
Nhân vật chính của truyện, và lần đầu tiên trong sáu trình điều khiển chọn lựa chọn bởi Arcadia. Một cậu bé vô tư trẻ, những người đã rất lịch sự, và không bao giờ quên mỉm cười và cúi đầu ở bất cứ ai ông đã gặp, mặc dù ông thường xuyên hiển thị liều lĩnh mà gần như có được nó vào rắc rối.
Thời đại là thời Chiến quốc đầy biến động ở Hinomoto. Kinokuni, vùng núi và biển chưa được khám phá. Ở sâu trong rừng sâu này, có một nhóm sử dụng "Yatagarasu" làm biểu tượng cờ của họ và sử dụng súng làm vũ khí. Tên của họ là "Saikashu"
Câu chuyện xảy ra vào thời Edo ở Tokyo vào những năm 1700. Tướng quân đời thứ 8 – Tokugawa Yoshimune đã cho người lập những hòm thư để người dân có thể bày tỏ nỗi lòng của mình. Sau đó ông đã lập nên lực lượng hành pháp Mushibugyou để bảo vệ người dân của mình. Mỗi một thành viên trong tổ chức đều là những người xuất chúng.
Tập phim OVA, giải thích thêm về sự kết thúc của Eureka Seven AO. A new episode split into five parts, further explaining the end of Eureka Seven AO.