The Second is dead and the Gasai Yuno in the third world finally gets to live a happy life with her loving parents and friends from school. But there is still an empty place in her heart — it seems she has forgotten a person really close to her but simply cannot regain her memories.
Trong thế giới tương lai, Nano Race, những người có gen được cấy các nanomachine có khả năng đặc biệt, bị kiểm soát và thành kiến bởi Pure Race, được gọi là người thường. Beck, một thợ săn huyền thoại với sức mạnh Red Ash, với mong muốn được phẩu thuật để trở thành Pure Race. Cùng với người bạn Tyger, họ dùng Parallel Machine bay đến thế giới cũ để làm những công việc nguy hiểm.
Năm 2027, thành phố New Port vẫn đang hồi phục từ hậu quả của chiến tranh. Một sĩ quan quân đội có dính đến việc ăn hối lộ và buôn bán vũ khí bất hợp pháp bị giết. Trong quá trình điều tra, Daisuke Aramaki của Cục An ninh Quốc gia gặp Motoko Kusanagi, một hacker nửa người nửa máy cao cấp thuộc đơn vị bí mật số 501. Batou, người đàn ông với "con mắt không ngủ", nghi ngờ Kusanagi là kẻ đứng sau vụ đánh bom. Thanh tra cảnh sát Togusa đang theo đuổi cùng lúc 2 vụ án một người bị bắn chết và một cô
Terrible creatures lurk in the dark, preying on those who wander into the hidden hour that lies between one day and the next—the Dark Hour. A secret school club known as SEES defends humanity from horrors and disasters while working to solve the mystery of the Dark Hour once and for all. A movie based on the 2006 RPG Persona 3, announced at the end of the Persona 4 movie, The Factor of Hope.
Hai năm đã trôi qua, kể từ khi Cloud sử dụng năng lượng “Dòng sinh mệnh” để ngăn chặn sự huỷ diệt của Jenova, cả hành tinh tưởng chừng chỉ toàn những màu xanh của cây cối.