Hàng triệu năm trước khi bóng tối còn bao phủ thế giới một vị thánh đã xuất hiện và đem ánh sáng đến cho con người tên vị thánh đó là Shepherd. Đánh tan bóng tối là cũng là lúc vị anh hùng đó biến mất như không, người đời dường như quên rằng ánh sáng có được do đâu. Cho đến thời đại về sau, hòa bình bắt đầu không còn nữa chiến tranh liên tiếp xảy ra
Sau khi Đôrêmon bị đám rôbốt tí hon bắt đi, Nôbita và nhóm bạn đã quay trở lại hòn đảo xinh đẹp và vui chơi, nhưng cậu bé luôn mong ngóng Đôrêmon bởi không biết anh bạn mèo máy đang bị bắt ở đâu. Đột nhiên hòn đảo bị một đám máy bay tấn công, chiếc vali thần kỳ bị lấy đi, nhóm bạn đã bị giam lại trên đảo.
Ngay sau khi xuất hiện vụ nổ xảy ra tại vùng vịnh Tokyo, nơi đang diễn ra cuộc họp các quan chức cấp cao. Ở hiện trường vụ án đã thấy bóng dáng của Tooru Amuro, "kẻ 3 mặt" ấy vừa là Zero trong Cục cảnh sát an ninh quốc gia, vừa là thám tử Rei Furuya, đồng thời cũng là Bourbon thuộc tổ chức áo đen.
Tại Shibuya náo nhiệt mùa Halloween, Thiếu úy Sato Miwako khoác lên mình chiếc váy cưới tinh khôi trong tiệc cưới như cổ tích, và người đàn ông bên cạnh cô không ai khác ngoài Trung sĩ Takagi Wataru.
Một kẻ tự xưng là siêu trộm Kaito Deluxe (DX) đã đột nhập vào nhà Nobita lúc nửa đêm và lấy đi quả chuông của Doraemon. Điều này đưa Nobita và nhóm bạn vào cuộc phưu lưu truy tìm tung tích của quả chuông tại 1 nơi mang tên "Viện Bảo Tàng Bảo Bối Tương Lai", đây là nơi lưu giữ tất cả các bảo bối tại thế kỷ 22. Cuộc điều tra trở nên phức tạp và kỳ lạ hơn khi có sự xuất hiện của những nhân vật mới.