Star Trek Into Darkness có nội dung xoay quanh Thuyền trưởng James T. Kirk và phi hành đoàn của tàu Enterprise, những người được giao nhiệm vụ truy lùng và bắt giữ một kẻ có vũ khí hủy diệt hàng loạt. Nhưng sau khi hoàn thành nhiệm vụ này, những gì diễn ra sau đó lại vượt quá sự tưởng tượng của họ.
Phần 3 bắt đầu bằng chuyến thám hiểm đến cánh rừng Amazon đầy hiểm nguy rình rập và loài bò sát khổng lồ sẵn sàng cướp đi sinh mạng của từng thành viên trong đoàn.
Một tàu vũ trụ cổ đại lãng quên từ lâu đã phát hiện trên Trái Đất. Điều tra được thực hiện bởi Scout chở cô đến mặt trăng và rồi cô gặp các máy ấn tượng giữ gìn sự khôn ngoan của nền văn minh đã mất từ lâu
Câu chuyện xoay quanh bốn siêu anh hùng - Charge (Jason Trost), Cutthroat (Lucas Till), The Wall (Lee Valmassy) và Shadow (Sophie Merkley) - bị tước hết sức mạnh bởi kẻ thù không đội trời chung (James Remar). Các siêu anh hùng này bị đẩy vào hàng loạt thử thách dữ dội để ngăn chặn thế giới khỏi cảnh sụp đổ.
Một nhóm khủng bố bắt giữ Lois Lane và đe doạ sẽ cho nổ tung Paris với một đầu tên lửa hạt nhân. Siêu Nhân cứu được Lois Lane và ném đầu tên lửa vào không gian nhưng không ngờ vụ nổ ngoài không gian kia đã đánh thức Zod, Ursa và Non, 3 tên tội phạm bị lưu đày của hành tinh quê hương Siêu nhân. 3 tên ác nhân này quyết định tấn công vào Trái Đất.