Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới hỗn loạn sau "Cuộc Chiến Cuối Cùng" của nhân loại. Một khu rừng vĩ đại, đầy rẫy những sinh vật rực rỡ và những con thú hoang dã khác đã bao phủ cả hành tinh
Dựa trên Light Novel cùng tên, Sora và Shiro một ngày nọ được triệu hồi đến một thế giới khác bởi một thằng nhóc tự xưng là "Thánh", một thế giới mà bất hoà và tranh chấp đều được giải quyết qua game, cuộc chiến của các gamer bắt đầu từ đây.
Set in Hinomoto, a fictional version of Japan, where for a long time railway travel served as the most important form of transport. Each locomotive was paired with a humanoid control module, so-called Raillord, that aided the train operator.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!
câu chuyện kể về tương lai năm 2061 – thời điểm mà việc du hành vũ trụ đã được thương mại hóa. Một nhóm học sinh gồm 9 người của trường Trung học Caird đã bay vào không gian. Tuy nhiên, một sự cố đã khiến họ cách quê nhà đến 5012 năm ánh sáng. Với việc phát hiện ra một con tàu vũ trụ cũ, không người lái ở gần đó, những học sinh phải vận dụng mọi nguồn lực có hạn của mình để trở lại.