Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Beyond, Detective Story, Matriculated, Program, The Second Renaissance, Final Flight of the Osiris, World Record, Kids Story
Dựa theo cuốn tiểu thuyết nổi tiếng "Bá tước Monte Cristo" của nhà văn Alexander Dumas Gankutsuou lại lấy bối cảnh ở tương lai, khi con người có thể di chuyển dễ dàng qua các hành tinh Bắt đầu từ việc Albert - một quý tộc đến từ Paris lên mặt trăng tham dự lễ hội hóa trang. Tại đây, cậu gặp bá tước Monte Cristo - một bá tước giàu có nhưng đầy bí ẩn - và nhanh chóng kết thân với con người lạ mặt này. Để cảm ơn cứu mạng của bá tước trước băng cướp của Luigi Vampa, cậu đã mời ân nhân về nhà tại
Năm 2040, tình trạng ô nhiễm liên tục và hàng loạt trận động đất bí ẩn đã khiến thành phố Tokyo bị hủy hoại. Một thanh niên tên Ken Ando đang được đào tạo để trở thành thành viên của DC, một tổ chức bán quân sự được thiết kế để điều tra và bảo vệ môi trường sụp đổ.
Khi Azuma Ikki trở về Nhật Bản sau 10 năm, Anh bị tấn công bởi một nhóm người có vũ trang và trở thành tù nhân của họ. Kogane Asabuki, một người bạn thời thơ ấu, cứu anh với một vũ khí trên tay phải của cô được biết đến như Bubuki; một vũ khí với suy nghĩ riêng. Azuma Ikki, một người sử dụng Bubuki, biết về sự tồn tại của Bubuki và đi trên một cuộc hành trình cùng với các bạn đồng hành