Phim lấy đề tài những năm 1960 sau chiến tranh ở Nhật để viết nên một lịch sử khác, nơi mà một lực lượng siêu cảnh sát được thành lập để chống lại các phần tử khủng bố. Tồn tại bên trong lực lượng siêu cảnh sát đó là một đội ngũ hoạt động độc lập được gọi là Wolf Brigade (Lữ đoàn sói). Nhân vật chính Fuse là một người thuộc lực lượng đó, trong một lần làm nhiệm vụ anh đã chứng kiến cảnh 1 cô gái tự giật nổ quả bom ngay trước mặt mình.
Câu truyện được bắt đầu bằng giấc mơ làm hiệp sĩ của Nôbita và cũng chính vì mải mơ mộng nên sáng hôm sau cậu đã bị muộn học. Và rồi vào 1 buổi sáng sớm tới trường Nôbita nhớ ra là cậu chưa làm bài tập nên đã chạy lên ngọn núi sau trường để hoàn thành nốt nhưng Nôbita không thể nào làm được. Rồi 1 ông lão xuất hiện với bộ mặt giống 1 con vẹt, ông ta cho Nôbita ăn trái trí tuệ để cậu có thể làm xong được bài tập của mình.
Đó là Tib con mèo đen dẫn Mary đến những bông hoa lạ thường trong rừng. Khi cô khám phá ra một cái cây chổi nhỏ ngay sau đó, cô ấy rất ngạc nhiên khi thấy nó nhảy vào hành động. Trước khi cô có thể tập hợp được trí thông minh của mình, nó đang quất cô trên các ngọn cây, trên những đám mây, và vào căn cứ của Endor College
kể về chuyện của một trăm năm trước đây, các sa mạc thành phố “Désser City” đã bị hư hỏng nghiêm trọng trong một trận chiến giữa Pokémon.Cuộc chiến đã bắt đầu do một Pokémon cụ thể. Tuy nhiên, các Pokémon bị bịt kín bởi một ai đó, và thành phố đã trở lại được như bình yên hơn bao giờ hết, một nhà nước vẫn còn trong ngày hôm nay.
Câu chuyện diễn ra tại một thị trấn cảng, nơi một học sinh trung học ảm đạm tên Kai gặp một nàng tiên cá tên là Lu