Được Thiết lập một thế giới song song với Fate / stay night nơi Chén Thánh huyền bí biến mất khỏi Fuyuki sau Chiến tranh Chén Thánh Third Holy Grail. Sau nhiều năm yên bình, khoảng thời gian Chiến tranh Chén Thánh thứ năm đã xảy ra, Yggdmillennia, một gia đình ma thuật, tuyên bố công khai việc ly khai khỏi hiệp hội Mage và họ đang nắm giữ Chén Thánh
Dựa trên manga cùng tên của tác giá Kamijou Akimine. Sakurakouji Sakura là một nữ sinh cao trung xinh xắn và rất được ái mộ, nhưng thật ra cô là bậc thầy về võ thuật. Sau khi tận mắt chứng kiến một chàng trai thiêu chết người khác bằng ngọn lửa màu xanh lam, cô giật mình khi người đó lại là học sinh mới chuyển đến, Ogami Rei. Ogami là một Code: Breaker – một dạng sát thủ với những khả năng đặc biệt và là thành viên của một tổ chức bí mật phục vụ cho chính phủ.
Hiiragi Seiichi là một kẻ xấu xí xấu xí, đáng ghét, bẩn thỉu; đây là những lời châm biếm ném vào anh ta một cái khác về sự xuất hiện của anh ta. Đó là cuộc sống hằng ngày của Seiichi về bắt nạt, vì lý do nào đó, một ngày nào đó khi trường học ra đời, một tiếng nói rằng chính là một Thượng Đế đã nói qua hệ thống PA để chuẩn bị được đưa tới một thế giới khác.
Maebara Keiichi chuyển đến sống tại làng Hinamizawa thanh tịnh và nhập học vào một ngôi trường tổng hợp tất cả các khối lớp. Cậu là thành viên nam của một clb toàn nữ. Tưởng chừng như đó là một cuộc sống học đường đầy niềm vui, Keiichi vô tình phát hiện ra một sự thật thần bí bị che đậy bởi bạn bè cậu và ngôi làng. Vụ giết người hàng loạt Hinamizawa.
Chuyện xảy ra vào một đêm tình cờ khi Sumire vô tình nhặt được khoen cài áo của Lucia. Do bất cẩn Sumire bị đinh khoen đâm vào tay.. Cũng từ đó mà thị lực Sumire bắt đầu trở nên đặc biệt, cô có thể nhìn thấy những thứ mà người bình thường không thể thấy được, hơn nữa trong Sumire còn tồn tại một sức mạnh tiềm ẩn vô cùng ghê gớm