Năm 3195, đã có một cuộc chiến giữa robot và con người. Khi Shaian, một robot chiến đấu có tri giác, mất đi bạn đồng hành của mình trong trận chiến, anh đã tắt hệ thống cho đến khi cảm biến của anh phát hiện ra một con người mới. Gần 1000 năm sau, kẻ thù lớn nhất của Shaian vẫn còn sống và đang chiến đấu ở Brazil.
Câu chuyện diễn ra trong thời điểm thế giới đang trong hố sâu tuyệt vọng khi bị tàn phá bởi chất độc gọi là "Shinobi", đến Trái Đất qua một thiên thạch. Mọi người rời đến nơi gọi là "Kairiku", đã từng là đáy đại dương. Ở đó, mọi người cố gắng bảo vệ họ khỏi ảnh hưởng của chất độc. Trong một thế giới như vậy, có một tia sáng hy vọng nhỏ nhoi. Đó là Vũ khí Thần thánh Giga Road và chiến binh huyền thoại Yagyuu.
Bộ phim sẽ kể lại câu chuyện hoàn toàn mới được viết bởi chính Hideaki Sorachi, là bộ phim thứ hai của Gintama. Gintoki bị cuốn văng tới tương lai 5 năm sau. Nơi đó một dịch bệnh lạ hoành hành khiến đa số cư dân Trái Đất phải trốn ra vũ trụ, Gin đã chết khi một mình cố ngăn bệnh dịch. Kagura và Shinpachi cùng nhiều người khác thay đổi hoàn toàn sau cái chết của Gin, nhưng họ đều muốn nối bước Gin để lại. Không ai có thể nhận ra Gin trong quá khứ. Vậy Gintoki phải làm gì để thay đổi số phận
Trái Đất bị hủy diệt bởi một giống sinh vật kỳ lạ và tàn ác. Một chàng trai nhận ra rằng anh có sứ mệnh tìm ra con tàu Titan - thứ duy nhất có thể giúp những người sống sót tạo ra một hành tinh giống hệt Trái Đất.
Vào nửa cuối của thế kỷ 21, con người rời Trái Đất và bắt đầu định cư trên không gian, để thích nghi với môi trường trong không gian và đối phó với những người ngoài hành tinh thù địch trên Sao Mộc