Dựa theo Nitro+ visual novel Phantom of Inferno. Tại thế giới ngầm bên Mỹ, hàng loạt tên trùm các băng Mafia lần lượt bị ám sát, có tin đồn đó là do một tổ chức mang tên "Inferno" gây ra với các sát thủ mang biệt danh "Phantom". Một chàng trai trẻ người Nhật đang đi du lịch bên Mỹ tình cờ chứng kiến một vụ thảm sát, đáng lẽ sẽ bị bịt miệng nhưng lại trở thành một "Phantom" phục vụ cho tổ chức Inferno...
Slam Dunk là câu chuyện xoay quanh nhân vật Hanamichi Sakuragi, vốn là học sinh cá biệt, cầm đầu một băng nhóm chuyên gây lộn. Hanamichi từng tỏ tình và bị từ chối 50 lần khi còn học cấp 2. Lên trung học, Cậu ta gặp Haruko Akagi, cô gái trong mơ, và rất hạnh phúc khi cô không hề sợ cậu như những cô gái khác.
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Nữ nhân vật chính đang dạo quanh Kyoto Đột nhiên cô được một người đàn ông lạ mặt tặng cho một chiếc đồng hồ bỏ túi bí ẩn. Cô cầm theo chiếc đồng hồ, và khi đi ngang qua cổng ngôi đền torii, cô đã bị dịch chuyển về quá khứ, đến thời đại Mạc Mạt (Bakumatsu) - những năm cuối cùng của thời đại Edo, cách thời điểm hiện tại là 150 năm. Cô phải tìm cách trở về nhà thời hiện tại, nhưng làm thế nào đây?
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.