Hãy tham gia với Keita cùng cùng chiếc đồng hồ yêu quái của câu, Whisper và Jibanyan, khi họ tiếp tục nhiệm vụ tìm kiếm và gặp gỡ những người bạn yêu quái mới trong hành trình của mình.
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của
Lần này, những chiến binh dũng cảm phải chiến đấu với một tổ chức sát thủ bí mật chuyên giết người. Tổ chức này được biết tới với cái tên Dancing Swords (Những thanh gươm nhảy múa) họ tập trung những người có kỹ năng chiến đấu tốt và sức mạnh được thức tỉnh như của Hiyuu và mọi người chỉ có mục tiêu ám sát những kẻ sống ngoài vòng pháp luật. Hiyuu, Aoi, Kyoichi, Sakurai và Daigo bị tấn công bởi những kẻ này và phải chiến đấu chống lại chúng
Vào một mùa đông, khi còn đang học năm thứ 2 ở trường cấp 3, Yuuichi phải nằm viện vì bị viêm gan. Cậu ta suốt ngày bị chị y tá phạt vì tội hay trốn viện ra ngoài. Một ngày kia, cậu vô tình gặp Rika, một cô bạn bằng tuổi ở khu nhà bên cạnh. Cô bé ấy rất xinh xắn và đã hút hồn của Yuuichi ngay tức thì, nhưng đó lại là một cô bé rất ích kỉ. Dù cho có bị Rika sai khiến thế nào đi nữa thì Yuuichi vẫn gắn bó với cô bé ấy. Và rồi khi mà Rika kể cho cậu nghe về bệnh tình của mình thì cậu hiểu ra
Natsume có một bí mật mà cậu giữ kín từ lâu: cậu có khả năng thấy được những hồn ma. Trong một lần tình cờ tìm được Hữu Nhân Sổ (quyển sổ có thể sai khiến yêu quái) do bà cậu để lại, Natsume đã biết được lý do tại sao các yêu quái luôn đuổi theo mình. Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume đã trải qua những tháng ngày đầy rắc rối những mong có thể trả lại hết tên cho các yêu quái để chúng không còn quấy rầy cậu nữa. Nhẹ nhàng và đầy ý nghĩa, từng câu