Otokojuku - một trường tư dành cho thiếu niên phạm tội bị đuổi khỏi các trường học bình thường. Tại ngôi trường này, tinh thần thượng võ của Nhật Bản được huấn luyện bằng các nguyên tắc quân phiệt. Như một bộ phim hành động, các lớp học tràn đầy bạo lực. Chỉ có những người sống sót mới trở thành người đàn ông đích thực.
Trong tương lai không xa, một trò chơi đối kháng mới được thiết lập dựa trên công nghệ thực tế ảo và sử dụng Bankfon G, giống như Mortal Kombat nhưng người chơi sẽ có thể thuê những trang phục giúp tăng thuộc tính và sức mạnh của mình.
Vào ngày đầu đi học của mình tại trường Trung Học Toudou, Nagi Souichiro và bạn của cậu ta – Makihara Bob đã có ý định choảng bất cứ tên nào mà họ thấy ngứa mắt (để lấy số), theo cách mà họ đã từng làm ở những ngôi trường trước kia. Nhưng họ đã sớm nhận ra rằng Todou không phải là một ngôi trường bình thường. Nói một cách chính xác hơn thì ngôi trường này được thành lập để dạy học và hòa nhập các kiểu đánh nhau của học sinh. Học sinh của trường có rất nhiều người giỏi việc đánh đấm, có một số
OBước vào năm hai, Chihaya và những người bạn của cô vừa phải lo "tuyển nhân lực" là các học viên năm nhất cho CLB thi đấu Karuta của mình, vừa phải lo đối đầu với các đội ở các trường khác. CLB của cô bùng cháy lửa nhiệt huyết hơn bao giờ hết.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.