diễn ra trong các đô thị theo phong cách cyberpunk của thành phố Neo Saitama. Sau khi vợ và con của mình bị giết trong một cuộc chiến tranh giữa các ninja, Kenji Fujikido, đã bị ám ảnh bởi một linh hồn ninja bí ẩn được gọi là Naraku Ninja.
English: Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG. Synonyms: Koukaku Kidoutai S.A.C. 2nd GIG, Ghost In The Shell S.A.C. 2nd GIG. Japanese: 攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG
Maruo Eiichirou là một học sinh năm nhất, một ngày cậu ta thấy mình yếu môn thể dục cho nên đã tìm đến CLB Tenis và bắt đầu bị nó thu hút.
Khi 3 kẻ hoàn toàn xa lạ với nhau, Mishiba Toki, Nakajou Nobuto và Saitou Kazu được một tổ chức chọn để tham gia vào Bus Game, dưới hình thức là một dạng võ đài đánh nhau ngầm giữa 2 hay nhiều cá nhân ẩn chứa nhiều điều bí ẩn, họ đã quyết định chọn tên cho team của mình là “AAA” (tức là 3 chữ anonymous – nghĩa là kẻ không có tên).
câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?