Tiến sĩ Saotome trở về từ cõi chết sau khi bị giết bởi phi công Gare Nagare Ryoma và đe dọa thế giới với sự sáng tạo tối thượng của ông: Shin Dragon. Ryoma miễn cưỡng hợp tác với cựu đồng nghiệp của mình là Jin Hayato và Tomoe Mushashi để chống lại Dr. Saotome.
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Câu chuyện đặt bối cảnh tại Onomichi, Hiroshima năm 20XX, khi mà cá voi là loài cá duy nhất còn sống trên biển. Vì thế, bộ Thủy sản quyết đinh xây những bể cá khổng lồ trong không gian. Liên minh thủy sản vũ trụ Onomichi được thành lập để đào tạo ngư dân không gian.
Thời Đại Thần Thánh đã đến hồi kết thúc. Sự bất tử cũng sẽ không còn.Cõi Thiên Đàng rung chuyển khi đội quân của Falis, Thần Ánh Sáng...... Chạm trán với quân của Falaris, Thần Bóng Tối.Trong trận chiến không ngừng nghỉ sau đó,Trái Đất bật khóc...Biển cả sôi sục...Cuối cùng, chỉ có hai người sống sót của mỗi bên
Được chuyển thể từ manga cùng tên. Nhân vật chính Koko Hekmatyar là 1 tay buôn vũ khí trẻ tuổi, luôn tháp tùng cô trong mỗi chuyến hàng là 1 nhóm các cựu binh thiện chiến. Phát hiện mới nhất của cô là Jonah, 1 cậu bé có kĩ năng chiến đấu rất cao nhưng lại ghét vũ khí, cậu gia nhập nhóm của cô để tìm ra kẻ đã sát hại gia đình mình.