Oribe Mafuyu và Yamanobe Tomo là đôi bạn thân thiết từ thuở nhỏ. Sau khi cha của Tomo đột nhiên biến mất mà không rõ lý do, cả 2 theo học tại một ngôi trường có tên là học viện thánh Mihailov
Dưới cơn mưa rào, trong từng vạt nắng trưa rọi qua tán lá xanh, tiếng ve sầu râm rang, chòm pháo kim ngư lấp lánh. Hương mùa hạ bao trùm lấy tất cả, một bối cảnh thật êm đềm nơi vùng quê hẻo lánh. Câu chuyện xoay quanh cậu bé mang tên Natsume. Natsume có một bí mật mà cậu giữ kín từ lâu: cậu có khả năng thấy được những hồn ma. Trong một lần tình cờ tìm được Hữu Nhân Sổ (quyển sổ có thể sai khiến yêu quái) do bà cậu để lại, Natsume đã biết được lý do tại sao các yêu quái luôn đuổi theo mình.
Ganta Igarashi – một cậu học sinh 14 tuổi đã từng may mắn thoát khỏi trận động đất 10 năm trước (nhấn chìm 70% bề mặt Tokyo xuống đáy biển) đột nhiên bị kết tội giết người hàng loạt sau vụ thảm sát tại lớp học
Từ khi còn nhỏ, Natsume Takashi đã có khả năng nhìn thấy những thứ có lẽ được gọi là yêu quái. Chính vì khả năng này mà cậu gặp khó khăn trong cuộc sống do không có ai hiểu cậu. Câu chuyện bắt đầu khi Takashi quyết định thừa kế “Sổ Bè Bạn” của bà mình. Natsume Reiko, tên của bà ấy, cũng có khả năng nhìn thấy yêu quái như cậu và sau khi kế thừa quyển sổ cậu dần hiểu ra lý do tại sao mình luôn là mục tiêu của cả yêu quái tốt lẫn xấu. Sau khi hiểu rõ về ý nghĩa của “Sổ Bè Bạn” cậu cùng vệ sĩ tự
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của