Sau cái chết của Toutaku Chuuei (Đổng Trác) và sự mất tích của Ryofu Housen (Lữ Bố) ở Season 1. tại Season 2 này Sonsaku Hakufu (Tôn Sách), cùng với Ryuubi Gentoku (Lưu Bị) sẽ chiến đấu với ma vương Sousou Moutoku (Tào Tháo), ai sẽ là người chiến thắng xem sẽ rõ
câu chuyện về vùng đất rộng lớn được chia thành nhiều khu để cai quản, mỗi khu có một vị vua riêng.Họ luôn cs những tranh chấp diện tích lãnh thổ lẫn nhau, chính vì sự bất ổn về hòa bình mà tất cả các vị vua họp lại để nhằm thống nhất mọi thú, đưa tất cả trở về với những vùng đất hoàn bình và yên ổn nhất, cùng nhau xây dựng và phát triển.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Nơi cung cấm xa hoa, Minamoto Hiromasa kết bạn với người thần bí Abe Seimei, phá giải các vụ án phức tạp xuất phát từ ma giới.
Đây là phần cuối cùng của Initial D First Stage giờ đây Takumi và Shinji của trận đấu như vậy, khai mạc vào ngay lập tức. Shinji được đưa ra dẫn trước. Bunta bước ra khỏi cửa hàng đậu phụ và phá vỡ keypouch của mình sau khi vô tình bị rơi xuống. Bunta đoán một sự kiện không may sẽ xảy ra.