Những ai sở hữu được Shinrabanshou sẽ là Vua của Nabari, là người sẽ lập nên luật lệ mới cho Nabari. Cũng vì lẽ đó, cậu bé Rokujo Miharu rơi vào cảnh bị săn đuổi. Có người muốn lợi dụng Shinrabanshou trong người cậu, có người lại muốn bảo vệ cậu khỏi những kẻ săn đuổi và cả chính tri thức nguy hiểm đó. Đến với Nabari no Ou, bạn sẽ cảm nhận thế giới của ninja được ẩn sau sự tĩnh lặng của thế giới bình thường.
Tiến sĩ Địa ngục và thú cơ khí của ông đã trở lại, và chúng nguy hiểm hơn bao giờ hết. Kouji Kabuto và Tetsuya Tsurugi chiến đấu chống lại những máy móc quỷ dữ này dưới sự chỉ huy của Baron Ashura. Thật không may, họ bị đánh bại, Mazinger Z của Kouji bị bắt và Great Mazinger của Tetsuya bị thương nặng bởi kẻ thù
Thất đại ác nhân”, một nhóm chiến binh có tham vọng lật đổ vương quốc Britannia, được cho là đã bị tiêu diệt bởi các “hiệp sĩ thánh chiến” mặc dù vẫn còn 1 số người cho rằng họ vẫn còn sống. 10 năm sau, Các hiệp sĩ thánh chiến đã làm 1 cuộc đảo chính và khống chế đức vua, họ trở thành người cai trị độc tài mới của vương quốc.
Ở Akihabara, khu vực mua sắm bị xâm chiếm bởi những sinh vật gọi là "Synthisters", chúng săn những người bảo vệ Akihabara để ăn năng lượng và sống sót. Kẻ thù "Synthisters" sẽ bị đánh bại khi tiếp xúc với ánh nắng mặt trời, vậy nên phải lột quần áo chúng.
Cốt truyện xoay quanh cậu bé tên Ueki được trao cho sức mạnh siêu nhiên để tham gia vào các trận thi đấu để trở thành vị thần kế vị trên thiên đàng, cậu bé đã dần dần tập họp được một nhóm khi tham gia cuộc thi và họ đã cùng nhau chiến đấu vì lý tưởng của mình.