Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Một trò chơi thẻ bài mới kết nối các vũ trụ song song và những thẻ bài đặc biệt đóng vai trò như các cánh cổng đưa quái thú tới Trái Đất để chúng trờ thành chiến hữu với con người. Cùng chiến hữu là quái thú rồng Drum Bumker, cậu bé Gao Mikado vượt qua rất nhiều thử thách chiến đấu và đối đầu với các thế lực xấu xa
Một bộ anime truyền hình mới cho kỷ niệm 20 năm nhượng quyền anime. Câu chuyện diễn ra trong tương lai tại thị trấn Gouha. Yuuga Oudou, một học sinh lớp năm, yêu thích cả phát minh và đấu tay đôi. Luke, bạn cùng lớp của anh ấy là một "đấu sĩ số một tự phong tại trường tiểu học Gouha 7"
Câu chuyện xảy ra vào 20 năm đầu của Thiếu Niên Ca Hành, khi đó Bách Lý Đông Quân vẫn còn là một độc tôn được nhận vô vàng sủng ái của Trấn Tây Hầu phủ. Tuy hắn có phụ thân võ công tuyệt thế và mẫu thân gia chủ Ôn gia, nhưng lại không thích tập võ, chỉ yêu thích chưng cất rượu