Câu chuyện sẽ xoay quanh Jean Otis, được biết đến như là người đàn ông xảo quyệt thuộc tổ chức này. Anh là người có chức lệnh cao thứ 2 trong bộ máy cơ quan kiểm tra này. Cơ quan ACCA gồm có 10 người được chuyển đến các nơi thuộc 13 bang trong vương quốc.
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của
tại một cửa hàng đồ cổ tại khu mua sắm Teramachi Sanjou ở Kyoto; xoay quanh một anh chàng Kyoto đẹp trai và một cô nữ sinh cao trung. Một ngày nọ, cô nữ sinh Aoi Mashiro tình cờ gặp mặt Kiyotaka Yagashira - con trai của chủ tiệm, và cô trở thành nhân viên part-time tại nơi đó luôn.
Phần 3 sẽ là hành trình tìm kiếm ký ức của Makata Jin của nhóm Kaito. Bất ngờ, một cô gái tên là Reatsel cùng hội Master Brain xuất hiện nhằm cản đường họ. Cuộc chiến giữa Kaito và Reatsel diễn ra nhằm tranh giành ký ức của Jin bắt đầu.
Dưới cơn mưa rào, trong từng vạt nắng trưa rọi qua tán lá xanh, tiếng ve sầu râm rang, chòm pháo kim ngư lấp lánh. Hương mùa hạ bao trùm lấy tất cả, một bối cảnh thật êm đềm nơi vùng quê hẻo lánh. Câu chuyện xoay quanh cậu bé mang tên Natsume. Natsume có một bí mật mà cậu giữ kín từ lâu: cậu có khả năng thấy được những hồn ma. Trong một lần tình cờ tìm được Hữu Nhân Sổ (quyển sổ có thể sai khiến yêu quái) do bà cậu để lại, Natsume đã biết được lý do tại sao các yêu quái luôn đuổi theo mình.