Câu chuyện xoay quanh một chiến đội tập hợp những anh hùng trẻ tuổi bảo vệ Trái Đất khỏi sự xâm lăng của một giống loài ngoài hành tinh hung ác có tên “Kisei Mushi”. Chúng có ý định rút cạn năng lượng tình dục của nhân loại.
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật
Hoshimiya Ichigo là một cô gái bình thường học trung học nhưng khi người bạn thân của cô Aoi, mời cô tham gia học viện đào tạo idol
Junna Tono có một người em gái sinh đôi là Senna. Cậu là học sinh của trường trung học tư thục Sakurahama. Trong quá khứ, một tai nạn đã khiến cậu mất cha mẹ và cả ký ức của mình…và rồi hiên tại
Người ngoài hành tinh giao dịch với Trái Đất bằng người máy EXOFRAME. Và hình như liên minh Châu Phi mới nhú đã sử dụng EXOFRAME vào chiến dịch bí mật "Outcast Brigade" (binh đoàn bị ruồng bỏ) nhằm thúc đẩy công nghệ. Hoa Kỳ cử đội đi điều tra và làm a, làm a, làm a.