Yusuke Yotsuya là một học sinh lớp 9, sống thực tế, không thân thiện và không hề tham gia bất cứ hoạt động trong CLB nào. Đến một ngày nọ, cậu cùng hai người bạn nữ cùng lớp đã bất ngờ bị chuyển đến một thế giới khác, nơi mà họ phải hợp tác với nhau để chống chọi lại cuộc sống ở thế giới mới
Câu chuyện diễn ra trong một tương lai không xa. Đột nhiên có 5 "Điểm đen" xuất hiện trên thế giới với vai trò là những cánh cổng dẫn đến thế giới song song. Ngay sau đó, có những sinh vật kì lạ bắt đầu xâm chiếm Trái đất từ những "Điểm đen" đó. Những sinh vật kì lạ này là cư dân của 5 thế giới song song xem phim. Để đảm bảo cho sự sống còn của mình, mỗi cư dẫn ở 5 thế giới đều chiến đấu với nhau để quyết định số phận của họ. Chiếc chìa khóa để quyết định đó chính là thiết bị đấu bài.
Sử dụng Pokémon Ngân hàng, bạn sẽ có thể chuyển Pokémon bạn đã bắt gặp trong Nintendo 3DS phiên bản Virtual Console của Pokémon Red, Pokémon Blue, và Pokémon Yellow thành bản sao của Pokémon Sun hay Pokémon Moon. Pokémon Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X và Pokémon Y cũng có thể được đưa vào Pokémon Sun và Pokémon Mặt trăng trong cùng một cách.
Yagyu Jubei là một kiếm sĩ vĩ đại nhất của Nhật Bản. Kiếm thuật của ông là huyền thoại, nhưng một kẻ thù ông ấy không thể chiến thắng là cái chết. Trước khi chết, ông giao tất cả niềm tin cho người kế thừa và người này sẽ nhận được tất cả sức mạnh và kĩ năng của Yagyu Jubei, chỉ với miếng đeo mắt hình trái tim.
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS".