Câu chuyện chính bám theo sự trưởng thành và tiến bộ của Naruto và bạn cậu khi làm ninja, và nhấn mạnh mối quan hệ giữa họ và sự ảnh hưởng của quá khứ đến tính cách họ. Naruto tìm được hai người bạn đồng hành cùng là Uchiha Sasuke và Haruno Sakura, cuộc phiêu lưu bắt đầu.
Trong tương lai, Nhật Bản là vùng đất khô cằn. Ở Sa mạc Kantou, rải rác con người tìm kiếm sự sống trong cát bụi. Trong số họ, có một tên lùn là " Sunabouzu" sống bằng công việc của thợ săn tiền thưởng. Trông công việc anh ấy là vô địch thiên hạ. Nhưng đứng trước vếu thì anh cũng giống như bao người đàn ông khác.
Sự kiện bắt đầu bằng việc 7 đứa trẻ đi chơi núi nhưng đột nhiên họ bị hút vào 1 thế giới khác . Ở đó họ trở thành “những đứa trẻ của định mệnh” và mỗi nguời đều có 1 con thú Digimon bên mình và cả bọn phải chống lại thế lực tà ác do các Digimon xấu gây nên
Đất nước của những Samurai. Có một thời đất nước chúng tôi được gọi như vậy. 20 năm trước… Những kẻ ngoài hành tinh tự xưng là Amanto đột ngột đổ bộ xuống và thiết lập lệnh cấm mang kiếm. Samurai giờ đây bị khinh rẻ, coi thường. Trong thời đại như thế, vẫn còn một người đầy tinh thần samurai. Tên anh ta là Sakata Gintoki.
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS". "7SEEDS" được thành lập nhằm lưu giữ và duy trì con người phòng trường hợp cả nhân loại bị tuyệt diệt sau cú va chạm giữa thiên thạch và Trái Đất