Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn
Trong một đêm không thể ngủ với những điều buồn chán và phiền muội cứ đau đáu ở trong lòng, Yamori Kou đã bắt đầu khám phá thế giới nơi cậu sống vào đêm trăng tĩnh mịch, yên ắng, và đó cũng là một khởi đầu để cậu gặp một cô nàng kì lạ, người đã quyết định giúp cậu chữa khỏi căn bệnh mất ngủ này bằng việc ngủ chung với cậu.
Câu chuyện xoay quanh “Mob”, một cậu bé sẽ phát nổ nếu cảm xúc của mình đạt 100%. Cậu bé này có sức mạnh siêu nhiên và có biệt danh là “Mob” bởi vì cậu không nổi bật giữa mọi người.
Vào thời Edo, tại quận Fukagawa thuộc Edo cũ (ngày nay là Kyoto). Vì vùng này thường xuyên xảy ra hỏa hoạn và lũ lụt, cư dân ở đây phải thường xuyên thuê các vật như các lọ, futon và quần áo từ các shop thay vì mua chúng, để không bị cản trở khi chạy mỗi khi có chuyện xảy ra.
Câu chuyện kể về Sakamoto Ryuta, một NEET thực sự (Vô học vô công vô nghề...) và cậu là người đứng top 1 trong game Btooom! và 1 lần khi cậu thức dậy thấy mình đang ở 1 đảo hoang xa lạ, và có 1 hình bóng lạ ném cho cậu một thứ gì đó và vật đó chính là 1 quả bom, chính nhờ đó mà cậu mới nhận ra rằng mình đã rời vào bên trong trò chơi Btooom! và một câu chuyện nặng mùi bom đạn bắt đầu!