Diễn ra vài năm sau Getter Robo Go, Trái đất giờ đây là một thế giới hậu tận thế. Hayato, hiện là một nhà khoa học lão thành, đã hoàn thành kiệt tác của Giáo sư Saotome, Getter Robo Arc. Lái nó là Takuma, con trai của Ryoma, con người-khủng long Kamui, và em trai của Tayel, Baku.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!
Câu chuyện xảy ra ở tương lai gần khi mà GunPla Battles, một cuộc thi nơi các mẫu Gundam nhựa chiến đấu với nhau, trở nên nổi tiếng toàn cầu trong sự kiện "Quả bom GunPla lần 2". Sei Iori, một cậu bé lớp 7 và là con của một chủ shop chuyên bán các mẫu lắp ghép Gundam, rất có tài lắp ráp GunPla, nhưng cậu bé lại mù tịt về GunPla Battles.
500 năm trước một đứa trẻ dị giáo được mang lên thiên đình và giao vào tay Konzen Douji chăm sóc, tại đây Goku – đứa trẻ ấy đã tìm được những người bạn thật sự của mình. Khi chứng kiến Nataku chết trước mặt, Goku đã nổi điên và giết hết tất cả binh lính của thiên đình có mặt tại nơi đó.
In a lonely corner of the world, on the edge of No Mans Land, sits Clocktower Fortress. Its home to the 1121st Platoon of the Helvetian Army, and their newest member is a 15-year-old volunteer named Kanata Sorami, who enlisted to learn how to play the bugle. When she was a child, Kanata was saved by a beautiful soldier and found inspiration in the clear, golden sound of her trumpet. From that day forward, Kanata decided music would be her life.