Season 2 vẫn tiếp tục câu truyện về Khuyên ấn Orpheus và Phi Brain, nhưng những trận đấu thì ngày càng nóng lên. Một thế lực mới, một nhóm những thiếu niên tự xưng là Hậu Duệ Orpheus xuất hiện thách thức Kaito và những người bạn. Một cuộc chiến mới lại bắt đầu.
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
5 năm trước, hầu hết dân làng Ootsuka đã phải chết vì một cơn bệnh dịch. Nhưng thật thần bí, có 3 người đã sống sót: 1 nữ 2 nam. Họ hiện đang sống tại một nhà thờ tách biệt với thế giới bên ngoài nhằm thoát khỏi sự truy sát của kẻ thù. Đặc biệt thay, Shino, một trong 3 người sống sót đã có được quyền năng của Murasame, thanh kiếm linh hồn. Thế nhưng, cuộc sống yên bình của họ đã kết thúc khi mà Tòa Thánh đã rắp tâm muốn chiếm đoạt Murasame
Đến từ khối óc sáng tạo của bậc thầy manga kinh dị Ito Junji, đây là tuyển tập rùng rợn gồm một số câu chuyện kỳ quặc, đáng ngại và đáng sợ nhất của ông.
Câu chuyện xảy ra vào năm 1924 tại Vương quốc Saubure ở Châu Âu. Kujo Kazuya là em thứ 3 của một Quân nhân người Nhật, chuyển đến học ở Học viện Thánh Maguerite, nơi những chuyện kì bí xảy ra như cơm bữa. Tại đây cậu gặp Victorique (ngậm tẩu nhìn chẳng khác Sherlock Holmes), thông minh xinh đẹp. Và Kazuya cùng Victorique bắt đầu khám phá ra những bí ẩn mà các thám tử phải chịu thua.