Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Câu chuyện lấy bối cảnh vào giữa thời đại Muromachi, vào khoảng thập niên 70 của thế kỉ 15, sau trận chiến của Onin và Bunmei. Câu chuyện kể về Hyakkimaru - một chàng trai trẻ khi mới sinh ra là đã bị mất 48 bộ phận trên cơ thể
Kiteretsu là một cậu bé mới chỉ học tiểu học nhưng rất say mê nghiên cứu, chế tạo máy móc. Một lần, qua câu chuyện của bố, cậu tìm được những cuốn từ điển toàn giấy trắng và kính thần thông mà cụ cố Kiteretsu để lại
Một quái vật khổng lồ từ thế giới song song tìm đấu sĩ chiến hữu mạnh mẽ nhất Trái Đất và cảnh báo hiểm họa đáng sợ nhất sắp xảy ra. Lúc này, một kẻ nắm trong tay quyền kiểm soát hàng trăm quái thú âm mưu nuốt trọn địa cầu buộc cậu bé Gaou và các đồng đội phải dấn thân vào các cuộc quyết đấu trước các tấm thẻ bài quái vật hiếm đầy uy lực
Câu chuyện kể về một cô gái tên là Ronja là người con gái của một tộc trưởng của một bộ lạc kẻ cướp và sống trong một lâu đài khổng lồ trong rừng với những tên cướp. Câu chuyện sau Ronja khi cô gặp những sinh vật huyền bí làm bạn bè với một đứa trẻ như mình, và trải nghiệm cuộc sống trong rừng.