Câu chuyện xảy ra vào thời đại mà nhờ các thành tựu từ các thành phố trong khôn gian, 70% nhân loại đều đã sống bên ngoài không gian. Không gian giờ được kiểm soát bởi 2 thế lực lớn "Liên hiệp quan sự khối Dorushia" và "Vành đai hợp chủng quốc Hoa Kỳ đại tây dương" (ARUS). Có một nước trung lập tên Jiouru có nền công nghiệp rất phát triển.
Vài năm sau khi chiến tranh thế giới thứ III, hay còn gọi là Cuộc Phân chia thứ III, một tổ chức tội phạm được gọi là Vischio đã nắm được quyền điều khiển của thành phố hoang tàn Toshima (trước đây là Tokyo), nơi mà họ tổ chức cuộc đấu tên là “Igura”. Nam nhân vật chính Akira bị buộc tội oan, sau khi bị bắt đã có một người phụ nữ bí ẩn đưa ra đề nghị sẽ trả cho cậu tự do, nếu cậu đồng ý tham gia Igura và đánh bại kẻ mạnh nhất: Il-re.
Câu truyện kể về Aoba Watase, một cậu học sinh theo học tại một trường ở Tokyo và sống một cuộc sống bình thường. Vào buổi sáng hôm khai giảng sau kỳ nghỉ hè, cậu tới trường như thường lệ. Và cậu vô tình gặp Jyunjyou Dio Weinberg . Cuộc gặp này sẽ sớm làm thay đổi vận mệnh thế giới.
Ba chị em Hozuki, Kazuki, và Hazuki là dòng dõi của Galileo và sở hữu các tính cách khác biệt, nhưng họ chưa bao giờ thân nhau. Vào một ngày nọ, họ bị bắt cóc bởi một tổ chức bí ẩn. Tổ chức này đang tìm "Galileo Tesoro" mà Galileo Galilei khám phá được. Chẳng hiểu chuyện gì đang diễn ra, 3 người họ tẩu thoát trên chiếc phi thuyền người em út làm. Dù xem nhau như người xa lạ nhưng giờ đây họ phải giúp đỡ lẫn nhau. Mục đích của tổ chức theo đuổi? Tesoro là gì? Và cả mối quan hệ của 3 chị em sẽ ra
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ