bối cảnh tại tương lai ở những năm 20xx, vào thời điểm này, Akihabara – nơi từng được xưng tụng là “thánh địa Otaku” đã lụi tàn bởi văn hóa Otaku dần bị bài xích. Người chơi sẽ nhập vai với vai trò quản lý những cửa hàng Otaku còn sót lại. Họ sẽ phải giúp phát triển các cô giá tài năng và cùng nhau chiến đấu với một “vi-rút” lây nhiễm vào thế giới các tác phẩm, đồng thời phục hồi lại “trí nhớ” của mọi người.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Sự kiện bắt đầu bằng việc 7 đứa trẻ đi chơi núi nhưng đột nhiên họ bị hút vào 1 thế giới khác . Ở đó họ trở thành “những đứa trẻ của định mệnh” và mỗi nguời đều có 1 con thú Digimon bên mình và cả bọn phải chống lại thế lực tà ác do các Digimon xấu gây nên
một bộ sưu tập các câu chuyện mà tất cả đều có một điểm chung. The Phoenix, mà máu được cho là để cung cấp cho một cuộc sống đời đời cho người uống nó. Vì vậy nhiều người tìm kiếm để giết nó, nhưng như Phoenix của câu chuyện, đó là tái sinh từ đống tro tàn
Pocket Monsters, gọi tắt là "Pokémon", là những sinh vật kì lạ với vô vàn bí ẩn trên hành tinh này. Chúng có thể được nhìn thấy ở khắp nơi, trên bầu trời, dưới biển sâu, trong rừng rậm, cũng như trong những thành phố đông đúc cư dân.