được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu
Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?
Shirahama Kenichi là một học sinh học lực trung bình và bị gán cho cái biệt danh "Funuken" vì luôn bị bắt nạt. Một ngày đẹp trời, đi học về cậu gặp Furinji Miu, cô nàng này đã tạo động lực cho Kenichi học võ và cậu quyết định theo học ở võ đường nơi Furinji sống. Ở đây, Kenichi giáp mặt với nhiều cao thủ với những thế mạnh ở các môn võ khác, và những ngày tháng yên bình của Kenichi đã... Liệu Kenichi có thể trở nên mạnh hơn?
Câu chuyện xoay quanh Taito nhân vật chính của chúng ta, dù tai không to như cái tên của cậu, nhưng cậu lại là người mang trong mình tinh vận Phá Quân, rút được thần kiếm Loạn Vũ, các ep đầu còn trẻ trâu nhưng những ep sau thì cân team.