ở một thế giới có sự tồn tại của pháp thuật từ rất lâu về trước, nhưng giờ đây, năng lực pháp thuật ấy đã biến mất hoàn toàn. Câu chuyện bắt đầu vào một đêm trăng tròn, khi cô học sinh cao trung Mangetsu Kohinata gặp gỡ Shingetsu Ernesta Fukami – một cô gái trở lại Nhật Bản sau khi định cư ở bên Đức một thời gian.
Vào đầu truyện, một nữ sinh mang tên Momomiya Ichigo tham gia một buổi triển lãm về các sinh vật đang bị đe dọa tuyệt chủng với người bạn học mà cô thầm thương, Aoyama Masaya. Một trận động đất xảy ra và một luồng sáng kỳ lạ chiếu vào Ichigo cùng với bốn cô gái khác. Tiếp đó một chú mèo xuất hiện và nhập vào cơ thể Ichigo. Ngày hôm sau cô đột nhiên có những hành động, thái độ giống như mèo, ví dụ như Ichigo đột nhiên chộp lấy con cá trong căng tin, hoặc khi Ichigo ngã từ trên cao xuống thì cô
Suzuhara Izumiko sinh ra và lớn lên trong một ngôi đèn trên núi Kamuno, năm 15 tuổi. cô chuyển lên tokyo để học trung học. Trên đường đi, một vật thể tên là “Himegami” xuất hiện. Từ đó bí mật của gia tộc cô dần dần hé lộ.
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt. Đối với các quốc gia, sự tồn tại của con người này chính là những vũ khí mạnh mẽ.