Trong khi phần 1 là xử lý một vũ khí vi-rút cấp gây chết người của Nga, phần 2 của Thứ Hai đẫm máu được dàn dựng hai năm sau khi một chiếc máy bay mang theo một loại vũ khí hạt nhân đe dọa Tokyo.
Câu chuyện mở đầu bằng một vụ án mạng, người chết là một nữ sinh đại học. Theo điều tra, cảnh sát Yoo Jin Kook (Park Sung Woong) nhận định rằng đây là một vụ giết người được ngụy trang thành tử tự và nghi ngờ thủ phạm là Kim Moo Young (Seo In Guk).
Một cô gái trẻ bị sát hại dã man bởi một người chưa biết vào một đêm tối. Khi thành phố được nắm chặt bởi một chuỗi các vụ giết người nối tiếp , tổng cộng chín vụ giết người trong vòng bán kính mười hai cây số từ năm 1993 , cảnh sát kết luận rằng một người đàn ông họ đã có biệt danh là " Gap -dong " là đằng sau tội ác. Nhưng thám tử Yang Cheol- gon tin rằng kẻ giết người thực tế là Hà Il- sik, một cư dân của thị trấn và đã được thử thách trí tuệ
Nikita là một cô gái tuổi teen gặp vấn đề nghiêm trọng về tâm lý. Cô được cứu sống sau khi gặp tai nạn nguy hiểm trong một lần đi chơi thuyền. Những người đã cứu cô đến từ một tổ chức mật của Mỹ có tên gọi Division. Những người này lừa dối lòng tin của Nikita, khuyên cô nên bắt đầu một cuộc sống mới và cống hiến cho đất nước.
Câu chuyện xoay quanh một tổ chức mật có tên gọi Division. Hoạt động dưới danh nghĩa của chính phủ, Division thu thập những người trẻ đã từng “nhúng chàm”, xóa sạch quá khứ và đào tạo họ thành những sát thủ, gián điệp.